Marmaray, İstanbul'un ulaşım ağında önemli bir yer tutarken, farklı hatlarla entegre olabilme özelliği sayesinde yolculara geniş bir aktarma olanağı sunmaktadır. Şehir genelinde birçok noktada bu aktarma işlemleri gerçekleştirilebilir. Özellikle, Marmaray'ın çeşitli durakları, hem metro hem de diğer toplu taşıma araçları ile bağlantı imkanı sağlıyor. Bu sayede, İstanbul'un farklı bölgelerine hızlı ve kolay ulaşım sağlamak mümkün hale geliyor.

Marmaray.istanbul sitesinde hangi aktarma noktalarının olduğuna dair bilgi bulunmamaktadır. Ancak, Marmaray'da aktarma yapılabilecek bazı duraklar şunlardır:

• Söğütlüçeşme ve Küçükçekmece. Bu duraklar, metrobüs ile Marmaray arasında aktarma yapılmasını sağlar.
• Ayrılık Çeşmesi. Bu duraktan M4 Kadıköy-Tuzla metro hattına aktarma yapılabilir.
• Bakırköy. M3 Bakırköy-Başakşehir metro hattına aktarma imkanı sunar.
• Bostancı. M8 Bostancı-Dudullu metro hattına aktarma yapılabilir.
• Göztepe. M12 Göztepe-Ümraniye metro hattına aktarma imkanı sağlar.

Ayrıca, Sirkeci durağından T1 Kabataş-Bağcılar tramvay hattına ve Yenikapı durağından M1A Yenikapı-Atatürk Havalimanı metrosuna aktarma yapılabilir.