Marmaray ve M9 hattı arasındaki entegrasyon, İstanbul'un ulaşım ağını daha da güçlendiren önemli bir bağlantı noktasıdır. Bu sistem, Ataköy Marmaray istasyonundan başlayarak, M9 Ataköy-Olimpiyat metro hattına geçiş yapılmasını sağlar. Böylelikle, yolcular hem Marmaray'ın avantajlarından yararlanırken hem de M9 hattının sunduğu hız ve konforla seyahat edebilirler. Bu aktarma imkanı, İstanbul'un farklı bölgeleri arasında hızlı ve etkili bir ulaşım sağlamaktadır.

Marmaray'ın M9 ile bağlantısı, Ataköy Marmaray istasyonundan M9 Ataköy-Olimpiyat metro hattına aktarma yapılarak gerçekleştirilir. M9 metro hattı, Ataköy'den Olimpiyat İstasyonu'na kadar 14 duraktan geçer ve toplam uzunluğu 17,2 km'dir. Sefer süresi tek yönde 26 dakikadır. Aktarma yapılabilecek diğer istasyonlar ve hatlar ise şunlardır:

• İkitelli Sanayi İstasyonu'nda M3 (Kayaşehir-Bakırköy Sahil) metro hattına bağlantı vardır.
• Yenibosna İstasyonu'nda M1A Yenikapı-Atatürk Havalimanı metro hattı ve metrobüs ile entegrasyon bulunur.