Marmaray, İstanbul'un ulaşım ağına entegre olmuş modern bir demiryolu sistemidir. Bu hat, şehri iki kıta arasında kesintisiz bir şekilde bağlarken, mevcut diğer ulaşım araçlarıyla da önemli bağlantılar sunarak kullanıcıların seyahat deneyimlerini kolaylaştırır. Marmaray'ın sunduğu aktarma noktaları, metro, metrobüs, vapur ve hızlı tren gibi çeşitli ulaşım seçenekleri ile şehrin farklı bölgelerine erişimi hızlandırır.

Marmaray, birçok hatla bağlantılıdır:

• Metro: Yenikapı istasyonunda M1A Yenikapı-Atatürk Havalimanı, M1B Yenikapı-Kirazlı ve M2 Yenikapı-Hacıosman metro hatlarına; Sirkeci istasyonunda T1 Kabataş-Bağcılar tramvay hattına aktarma yapılabilir.
• Metrobus: Küçükçekmece ve Söğütlüçeşme istasyonlarından metrobüs hatlarına ulaşılabilir.
• Vapur: Bostancı, Maltepe, Sirkeci ve Üsküdar istasyonlarından Şehir Hatları vapurlarına aktarma mümkündür.
• Hızlı tren: Halkalı, Bakırköy, Kadıköy, Söğütlüçeşme, Bostancı ve Pendik istasyonlarından hızlı trene aktarma yapılabilir.
• Diğer hatlar: M5 Üsküdar-Çekmeköy, M8 Bostancı-Dudullu, M9 Ataköy-Olimpiyat metro hatlarına ve T6 Sirkeci-Kazlıçeşme tramvay hattına aktarma imkanları bulunmaktadır.